Relançado em 2006, com o apoio da Fundação Conrado Wessel, o Prêmio é um dos mais importantes do país. Seu diferencial é o fato de não aceitar inscrições: o premiado é escolhido entre pesquisadores indicados.

O Prêmio Jovem Cientista é uma iniciativa do CNPq, da Gerdau, da Fundação Roberto Marinho e GE e tem como objetivos estimular a pesquisa, revelar talentos e investir em estudantes e profissionais que procuram alternativas para os problemas brasileiros.

O CNPq concederá, anualmente, o Prêmio José Reis de Divulgação Científica e Tecnológica àqueles que, por suas atividades, tenham contribuído significativamente para tornar a Ciência e a Tecnologia conhecidas do público em geral.

O Prêmio Destaque do Ano na Iniciação Científica foi instituído pelo CNPq, em 2003, e conta com a parceria da Academia Brasileira de Ciências (ABC) e a Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC) e tem como objetivo premiar bolsistas de Iniciação Científica do CNPq que se destacaram durante o ano sob os aspectos de relevância e qualidade do seu relatório final de pesquisa, bem como as instituições participantes do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC) que contribuíram de forma relevante para o alcance dos objetivos e metas do Programa.

Instituido em 2011, nas comemorações dos 60 Anos do CNPq tem como objetivos fomentar a produção de imagens com a temática de Ciência, Tecnologia e Inovação; oferecer um produto inédito para a popularização e para a ampla divulgação da Ciência no Brasil; criar o Anuário Brasileiro da Fotografia Científica e montar um banco de imagens científicas.

O CNPq concede anualmente o título de Pesquisador Emérito para pesquisadores brasileiros ou estrangeiros, radicados no Brasil há pelo menos 10 anos, que prestaram relevantes contribuições para o país.

O Prêmio MERCOSUL de Ciência e Tecnologia é promovido pela Reunião Especializada de Ciência e Tecnologia – RECyT do MERCOSUL; a Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (UNESCO); o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e o Movimento Brasil Competitivo (MBC). O Prêmio destina-se a estudantes e pesquisadores com trabalhos no tema de Inovação Tecnológica na Saúde. As categorias do Prêmio são “Iniciação Científica, Jovem Universitário, Jovem Pesquisador e Integração".

O Prêmio foi instituído em 2005, é uma iniciativa da Secretaria de Políticas para as Mulheres (SPM), em parceria com o Ministério da Educação (MEC), Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e a ONU Mulheres.

Promover a cooperação entre o PETRÓLEO BRASILEIRO S.A - PETROBRAS e o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) visando a concessão de bolsas de Mestrado, de Doutorado e de Pós-Doutorado, aos autores-líderes de trabalhos premiados em cada categoria.